(一)補充保險費的計費基礎都是採用總額的概念，基於與其他所得計費基礎一致之公平性考量，股利所得以「股利總額」(股利淨額+可扣抵稅額)為計費基礎。

　　(二)補充保險費是採就源扣繳制度，各公司應於配發股利時，即自股東的股利所得中扣取補充保險費，並辦理後續繳納及申報手續。例如：現金股利淨額8,000元、可扣抵稅額2,000元（假設無股票股利），公司給付時應先行扣取200元（＝股利總額(8,000+2,000）×費率2％）補充保險費，再將剩餘股利給付予股東，同時，公司尚須依規定方式將補充保險費繳納給健保署，並於次年1月底前向健保署申報扣費明細；該扣費明細經健保署彙整後，將於報稅期間前提供民眾查詢。